女性的月经是伴随着卵巢周期性变化而出现的，子宫内膜周期性脱落及出血，孕酮在整个月经周期中起着非常重要的作用。而在黄体期高水平的孕激素，对促进性腺激素的脉冲分泌也会产生负反馈的抑制作用。在排卵前低水平的孕激素可以增强雌激素对促性腺激素的正反馈作用。所以如果有孕酮低，容易引起月经紊乱，闭经、子宫不规则出血等情况，因此孕酮低的女性要给予积极的治疗，可以补充孕酮。
孕酮值低的原因女性体内孕激素由卵巢胎盘和肾上腺皮质产生，孕酮含量随着月经周期变化而波动，在卵泡期的时候孕酮水平极低，在排卵以后，卵巢黄体产生大量的孕酮水平迅速上升，在中期LH峰以后的第6-8天血浓度达到高峰，月经前四天逐渐下降至卵泡期。在黄体期，孕酮的正常范围是9.5-89，如果在黄体期孕酮水平低于生理值，提示黄体功能不足，如果在月经来潮4-5日，孕酮仍然高于生理水平，提示黄体萎缩不全。
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